中国疾病预防控制中心研究生教育始于1984年,2014年成立研究生院,工作内涵包括学位教育、继续教育和特色培训等三个模块。其中“特色培训”包括现场流行病学培训项目(CFETP)、公共卫生医师规范化培训。

中心有基础医学、公共卫生与预防医学等2个一级学科博士学位授权点,免疫学、病原生物学、放射医学、流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、儿少卫生与妇幼保健学、卫生毒理学等8个二级学科博士硕士学位授权点,以及公共卫生硕士(MPH)专业学位授权点,其中病原生物学被评为北京市重点学科。