中国疾病预防控制中心研究生教育始于1984年。截至2017年3月,中心有1个北京市重点学科(病原生物学)、2个一级学科博士、硕士学位授予点(基础医学、公共卫生与预防医学)、8个二级学科博士、硕士学位授予点(基础医学包括免疫学、病原生物学和放射医学,公共卫生与预防医学包括流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、少儿卫生与妇幼保健学、卫生毒理学),以及全日制和非全日制公共卫生专业硕士(MPH)学位授予点。现有导师共273人,其中博士生导师76人(含院士5名,其中中科院院士2名、工程院院士3名),硕士生导师165人,MPH导师32人。共授予博士学位857人、硕士学位2,338人(其中学术型硕士学位1684人、MPH学位654人)。在读研究生555人(博士生163人、硕士生296人、在职MPH硕士生96。中心有2个博士后科研流动站,分别是基础医学、公共卫生与预防医学,迄今为止,共招收博士后科研人员198人,现在站博士后23人。