自1984年招收研究生以来，中心现有公共卫生与预防医学和基础医学2个一级学科博士学位授予点，分别涵盖流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、少儿卫生与妇幼保健学、卫生毒理学和免疫学、病原生物学、放射医学等共8个二级学科博、硕士学位授予点，上述2个一级学科博士学位授予点均设有博士后科研流动站。

1988年，由中国预防医学科学院、协和医科大学和原北京医科大学联合创办了“协和公共卫生学院”，开始培养应用型公共卫生研究及管理人才。

2001年，经国务院学位委员会批准（学位办[2001]）97号），中心成为我国首批公共卫生硕士（MPH）专业学位试点单位之一，于2002年度开始正式招收和培养MPH。

2003年，参加全国一级学科评估，中心基础医学学科总体排名第五；2004年，参加全国一级学科评估，中心公共卫生与预防医学学科总体排名第三；2008年4月，经北京市教育委员会评审，中心病原生物学学科被评为北京市重点学科，北京市计划于2008-2012年投入100万元用于支持中心病原生物学重点学科建设，目前已到位60万元。

自2010年起，根据教育部安排，中心开始招收培养全日制公共卫生硕士专业学位研究生。