中国疾病预防控制中心研究生教育始于1984年，2014年成立研究生院，工作内涵包括学位教育、继续教育和特色培训等三个模块。其中“特色培训”包括现场流行病学培训项目（CFETP）、公共卫生医师规范化培训。

中心有基础医学、公共卫生与预防医学等2个一级学科博士学位授权点，免疫学、病原生物学、放射医学、流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、儿少卫生与妇幼保健学、卫生毒理学等8个二级学科博士硕士学位授权点，以及公共卫生硕士（MPH）专业学位授权点，其中病原生物学被评为北京市重点学科。

CFETP作为中心非学位制“特色培训”，自2001年成立以来已在全国范围内共成立了25个两年制现场培训基地，对学员指导实行责任导师、现场导师和项目教师联合指导与管理的机制。同时，为进一步解决现场流行病学能力发展不平衡不充分问题，2016年从最初的两年制培训拓展增加9个月制中级学员的培养，并自2018年起在全国范围内推动3-6个月制的一线项目培训并提供技术支持。在2020年国家卫生健康委设立的抗疫国债项目及2021年疾控机构现场流行病学骨干人才培养项目的推动下，一线FETP培训全面铺开。持续不断的公卫骨干培养，已建立并不断完善中国特色FETP三级培训模式和网络。