重庆市疾控中心组建于2000年12月，是从事基本公共卫生服务的公益性事业单位，副局(厅)级单位，以“开展疾病预防控制，提高公共卫生服务能力，保障人民健康”为宗旨。承担疾病预防与控制工作，突发公共卫生事件预防控制，健康危害因素监测、评价与干预等社会公益性公共卫生服务13项职责任务。全市有39个区县疾控中心。

中心占地面积1.3万m²，现有业务用房2.4万m²，其中实验用房1.1万m²。截至2014年底，中心在编职工240人。其中专业技术人员189人，占职工总数的78.8％。是重庆医科大学、西南大学、第三军医大学、重庆医高专等高等院校预防医学、卫生检验、食品等专业教学实习基地，是中国疾控中心现场流行病学培训基地，是6个救灾防病应急处理分中心、39个区县疾控中心和企业疾控中心专业人员的进修培训中心。同时，重庆市预防医学会、重庆市性病艾滋病防治协会这两个重要的人才培训平台也挂靠本中心。

近年来，中心开展科研项目79项，获科研奖27项。取得国家认可资质12项，先后取得国务院“全国民族团结进步模范集体”、中华全国总工会“抗震救灾重建家园工人先锋号”、卫生部等四部局“全国血吸虫病防治先进集体”和中共重庆市委“先进基层党组织”等国家及省部级荣誉20余项。

中心高度重视现场流行病学项目基地建设，指导教师由中心领导和受过CFETP培训的老师组成，积极提供暴发疫情现场和指导开展专题调查。从2005年成为基地以来，已有20多名学员在基地工作，每名学员在基地均有多个现场调查，先后有多名学员在EIS、现场流行病学年会、学报上进行交流。