广西壮族自治区疾病预防控制中心是在原广西壮族自治区卫生防疫站、寄生虫病防治研究所和广西壮族自治区健康教育所的基础上，于2001年8月经自治区人民政府批准，重新组建的省级公共卫生专业机构，隶属于广西壮族自治区卫生和计划生育委员会。同时增挂“广西壮族自治区健康教育所”、“ 广西壮族自治区预防医学研究所”和“广西壮族自治区卫生监测检验中心”。2014年1月增挂“国家食品安全风险监测广西中心”。
    中心内设有11个职能科室、20个业务科所。在职人员458人，其中专业人员413人。拥有博士研究生17人，硕士研究生114人，研究生74人，大学本科154人；高级专业技术职务资格111人（其中正高45人），中级专业技术职务资格152人。有4人享受国务院政府特殊津贴，1人荣获卫生部有突出贡献的优秀中青年专家称号，1人入围2013年度中国工程院院士候选人并获中国公共卫生与预防医学发展贡献奖，3人为广西优秀专家，5人入选广西十百千工程人才工程人选，1人入选全国医药卫生界30年生命英雄，6人受聘广西医科大学、广西大学等高等院校的硕士生导师，获聘二级专业技术岗位5人。
    2006年被自治区党委、自治区人民政府授予“人才小高地”称号；2009年3月27日，经国家人事部批准，中心博士后科研工作站挂牌成立；2012年6月12日，通过自治区党委人才工作协调小组评审，成功设置了广西第二批八桂学者自然科学类岗位—“艾滋病防控关键技术”岗位；2012年9月，中国现场流行病学培训（FETP）广西基地挂牌成立； 2013年、2014年分别与广西医科大学、桂林医学院、右江民族医学院共建“公共卫生人才培训基地”挂牌成立；2014年9月“广西病毒性肝炎防治研究重点实验室”经过严格考核，被认定为第四批自治区重点实验室，这是我中心成立以来首个获得认定的省级重点实验室，实现零的突破。中心先后与世界卫生组织、联合国儿童基金会及美、英、法、加拿大、比利时、挪威、澳大利亚、新加坡、日本、韩国、泰国等国家和地区开展合作和交流。