CFETP培训为期2年，入学后首先开始2个月的高密度、多学科的核心理论的课程学习（简称核心课程）。CFETP核心课程的教学安排上充分借鉴了美国EIS（The Epidemic Intelligence Service, EIS)及其他国家的培训经验，并适当结合每期学员的专业特点和基础水平及现场工作需要，设计了由多学科理论学习、案例讨论和自选题调查等三部分组成，并不断根据我国公共卫生专业人员教育背景和学员需求，评估、调整和完善了教学内容。

核心课程理论学习的主要内容包括：

（1）现场流行病学调查及数据统计分析方法；

（2）公共卫生（疾病）监测原理与应用；

（3）干预（项目）设计、实施和评估方法；

（4）系统思维、批判性思维和循证决策的原则与方法；

（5）公众（媒体）沟通以及专业交流（报告撰写、PPT制作和演讲等）原则与方法；

（6）实验室在公共卫生中的应用及实验室支持体系；

（7）公共卫生理论、全球及我国重要健康问题及其应对策略、政策的分析、解读和研讨等内容。

核心课程的培训方法既有教师讲授、课堂讨论，还辅以丰富的案例教学。通过大量的国内外案例讨论，使学员通过实际发生的公共卫生案例，消化理解流行病学基本概念和方法，以增加学员现场调查组织实施的真实感觉。

核心课程的培训期间，学员还要结合所学内容，自行设计现场调查小课题，并组织实施。自选现场调查小课题是“短、平、快”的全过程现场实践练习，由学员选择题目，设计适合的方法，开展现场调查，进行数据分析、总结、报告和演讲，人人参与，互相点评。

CFETP核心课程培训阶段强调多学科的基本概念与实践结合的真实含义，改变传统的医学多学科分割教育方式，注重纠正基本概念和理念误解，短线强化培训不同学科技术要点的综合理解和运用，强化动脑、动手和动口能力，为学员开展突发公共卫生事件现场调查、流行病学专题研究、监测数据分析解读、监测系统评估等多样化现场实践锻炼打下基础。